Debido a sus méritos, durante varios años se le acumularon los honores. Fue académico supernumerio de la Real Academia de la Historia (1779), consejero de las Órdenes Militares (1780), miembro de la Academia de Bellas Artes (1780), socio honorario de la Real Sociedad Económica de Asturias (1780), miembro en la Real Academia Española de la Lengua (1781), miembro de la Real Academia de Cánones de San Felipe (1782) y en 1784 es elegido director por un año de la Real Sociedad Económica Matritense.

Jovellanos fue además ministro de Gracia y Justicia muy poco tiempo, solo hasta agosto de 1798, teniendo a Saavedra, como Secretario de Estado, pero en tan cortos meses planteó varios proyectos, de haber prosperado, hubieran podido cambiar muchas cosas a nivel de reforma agraria y de enseñanza más liberal. Cesado como ministro, Jovellanos marcha de nuevo a Gijón donde, entre tanto, ha fallecido su hermano Francisco de Paula. Siguen dos años de calma, pero tenía enemigos poderosos como era Godoy, el ministro Antonio Caballero y la Inquisición (que quiso suprimir).

Siguiendo órdenes de Madrid, el Regente de la Audiencia de Asturias, sorprende en la cama a Jovellanos en la mañana del 13 de marzo de 1801. Con nocturnidad y alevosía le sacan de su casa y lo mandan a prisión. Se apoderan de todos sus papeles y desde su casa le embarcan y trasladan a Mallorca, primero a la cartuja de Valldemosa, desde el 18 de abril de 1801 al 5 de mayo de 1802 y luego al castillo de Bellver. En total estuvo recluido siete años, hasta el 5 de abril de 1807. Tal como anotó en su Diario:

“Siempre aislado, incomunicado, sin permiso de tener papel, lápiz ni tinta, sin poder pasear, ni bañarse sin guardias a la vista, sin poder confesar sin que el sacerdote jurase previamente no tratar con las otras materias que las de la confesión”.

Hay una anécdota que refleja muy bien el carácter de nuestro personaje cuando un armador vigués había adquirido una fragata para emplearla en el comercio con América y antes de matricularla solicitó licencia a Jovellanos para ponerla como nombre “El sin igual Jovellanos”. Y este le contesta: “Correspondería yo muy mal al buen afecto de Vm. y a los sentimientos del mío, si no condescendiese con la primera parte de su deseo. Llámese enhorabuena la fragata “Jovellanos”, ya que en ello se complace Vmd.; y hágala Dios mas afortunada de lo que anuncia su apellido, pero permítame Vmd. que no consienta en manera alguna, que se añada a él un dictado que Vm. no pudiera aplicar sin nota, ni yo admitir sin escándalo”.

Tras la invasión napoleónica, José I Bonaparte le quiso nombrar ministro a lo que él rehusó y acabó muriendo, con multitud de achaques físicos, fuera de su ciudad natal, Gijón, una localidad que nunca se ha olvidado de sus grandes logros.