Viernes, 30 de Julio de 2021

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Un nuevo método es capaz de analizar miles de muestras del SARS COV-2 a la vez

Desarrollado por investigadores del BioCenter de Viena este nuevo protocolo de prueba para la COVID puede detectar el coronavirus en miles de muestras a la vez en menos de 48 horas y cuesta menos de 5 euros por paciente. Además puede adaptarse para muchos más patógenos

El nuevo sistema es capaz de procesar muestras de forma simultánea.

El nuevo sistema es capaz de procesar muestras de forma simultánea. / Viennabiocenter

Un nuevo método es capaz de analizar miles de muestras del SARS COV-2 a la vez. Desarrollado por investigadores del BioCenter de Viena este nuevo protocolo de prueba para la COVID puede detectar el coronavirus en miles de muestras a la vez en menos de 48 horas y cuesta menos de 5 euros por paciente. Además puede adaptarse para muchos más patógenos.

Hasta en 36.000 muestras, a la vez, y en menos de 48 horas puede detectar este nuevo método el SARS COV-2, según los resultados que se publican en la revista Nature Communications.

Esta nueva prueba se llama 'SAR-Seq' y alcanza la misma sensibilidad que las famosas PCR, pero, como gran ventaja, tiene mucha más capacidad de análisis, porque detecta el ARN del coronavirus en la saliva utilizando, por primera vez, las mismas y potentes herramientas genéticas que se usan ahora para poder secuenciar el genoma humano.

Además, este sistema desarrollado por un equipo de investigadores del BioCenter de Viena, un centro de investigación que depende de la Academia de Ciencias de Austria, es mucho más barato, ya que cada prueba por paciente cuesta menos de 5 euros y puede adaptarse también para la detección de otros virus y bacterias peligrosos para los seres humanos.

Las pruebas moleculares que detectan la presencia de SARS-CoV-2 se han convertido en la mejor forma de aislar los casos positivos y así pode contener la propagación de esta pandemia. Pero, en la actualidad, se emplean varios sistemas diferentes que tienen importantes inconvenientes.

Ventajas respecto al resto de test 

Por ejemplo, las pruebas de antígenos tienen un poder de detección relativamente débil y, por esta razón, las personas infectadas que portan cantidades bajas de virus permanecen sin ser detectados y pueden continuar infectando a otras personas.

Por otra parte, las pruebas PCR son más sensibles, porque multiplican fragmentos del genoma viral antes de escanear las muestras en busca del virus. Sin embargo, se basan en la detección de etiquetas fluorescentes que marcan secuencias virales y esto implica que, si queremos agrupar muestras procedentes de diferentes personas, el proceso sea bastante ineficaz. De hecho, si un grupo da positivo, todas las muestras dentro del grupo deben volver a analizarse individualmente para identificar la fuente de la señal fluorescente.

En resumen, hasta ahora, para detectar el SARS COV-2 en una persona se necesitan demasiadas máquinas y estas son demasiado caras y demasiado lentas.

Para evitar estos defectos, los científicos del BioCenter de Viena Ulrich Elling, del Instituto de Biotecnología Molecular de la Academia de Ciencias de Austria, y Luisa Cochella, del Instituto de Investigación de Patología Molecular, encontraron una solución innovadora: amplificar el material viral de las muestras individuales al máximo utilizando la misma tecnología que ahora se usa para secuencias los genomas humanos.

Porque esto presenta una enorme ventaja: "homogeneiza la cantidad en las muestras positivas, lo que hace que SARSeq sea muy sensible", explica Luisa Cochella.

Así funciona el nuevo procedimiento

En concreto, lo que distingue a este nuevo método de la prueba de la PCR habitual es que cada muestra recibe un conjunto único de secuencias de ADN cortas, o códigos de barras, que se adhieren al ADN viral amplificador.

En un segundo paso de amplificación, todas las muestras de una placa se agrupan en un pocillo, que recibe un segundo conjunto de códigos de barras de ADN únicos. El contenido de varias placas se puede combinar una vez más, ya que las moléculas de ADN de cada muestra llevan una combinación única de dos conjuntos de códigos de barras. Esta estrategia de agrupación y códigos de barras hace que SARSeq sea altamente específico y escalable.

"Combinamos la sensibilidad de la PCR con el alto rendimiento de la tecnología de secuenciación de próxima generación, la misma que se utiliza para secuenciar el genoma humano. La máquina NGS procesa las muestras agrupadas y nos dice qué muestras contenían material de SARS-CoV-2. Los códigos de barras nos permiten distinguir cada muestra positiva de las demás y rastrearla hasta un paciente", explica Ramesh Yelagandula, primer autor de este estudio.

Por último, el método basado en NGS permite probar varios ARN en paralelo, incluidos los ARN que controlan la calidad de la muestra o los ARN de otros patógenos para el diagnóstico diferencial.

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